(一)位于日本奈良市西京。又称西京寺。为日本法相宗大本山之一，南都七大寺之一。天武天皇（673～686 在位）为祈愿皇后（后即位为持统天皇）疾愈，于藤原宫创建本寺。元正天皇养老二年（718）， 因营建平城京（奈良），与诸大寺移建至现址，堂塔完备，蔚为大伽蓝。自天长七年（830） 起，勤修最胜会（南京三会之一）。
天延元年（973） 遭火灾，除佛殿、东西二塔外，余皆焚毁。后经数度重建，今除东塔外，他如佛殿、讲堂、东院堂等，皆江户时代之建筑。东塔为三重塔，每层各附有裳层，状似六重塔，为奈良前期之遗构，以九轮上部附加水烟之天人图案为最美。佛殿所供奉之三尊药师佛像，亦为奈良前期金铜佛像铸造中之杰作，虽遇灾变，其表面犹显黑亮之光泽。东院堂之观音立像亦为同期所作。吉祥天画则为硕果仅存之天平绘画。此外尚藏有慈恩大师图像，及数尊平安初期之佛像。［日本书纪卷二十九、卷三十、药师寺缘起］
(二)位于日本木县河内郡南河内町。为日本古时三戒坛之一。创建于天智天皇九年（670），一说天武天皇二年（674），或大宝三年（703）。后一度衰废。镰仓时代，密严复兴之。今属新义真言宗智山派。寺之北方山林中，有中国唐代僧鉴真和尚之碑。［续日本纪卷十九、卷三十、东大寺要录卷一］ p6693